Aelita compare per la prima volta nel prequel "Il risveglio di XANA", dove Jeremy le assegna il nome provvisorio di "Maya". Esso viene cambiato in "Aelita" alla fine dell'episodio, quando viene scoperto il suo vero nome mentre entra in una torre.
Aelita all'inizio è una ragazza virtuale residente su Lyoko, del quale è la guardiana, e Jeremy deve lavorare per materializzarla sulla Terra. Aelita è indispensabile su Lyoko perché solo lei può disattivare le torri attivate dal loro nemico, XANA. Nell'episodio 25, "Codice Terra", viene materializzata sulla Terra, ma subito riportata su Lyoko a causa di un virus che XANA le ha iniettato. In realtà, XANA le ha rubato una parte dei suoi ricordi, che alla fine riacquista: essi riguardano la sua precedente esistenza umana e la sua famiglia. Aelita apprende così di essere figlia dello scienziato Waldo Schaeffer e di essere stata portata su Lyoko dal padre per proteggerla dall'organizzazione terroristica per la quale quest'ultimo lavorava, la Green Phoenix. Riesce a riacquisire i ricordi nell'episodio 52, "Missione Finale", quando lo Scyphozoa le ruba la chiave di Lyoko. Grazie ad essi può tornare sulla Terra senza andare in una torre e attivare il Codice Terra, come succede per la prima volta nell'episodio 53, "Il cuore di Lyoko".
Quando frequenta la scuola Kadic, fa credere di essere Aelita Stones, la cugina canadese di Odd.
Durante la serie viene controllata da XANA per diversi motivi: nell'episodio 32, "Il giorno di San Valentino", XANA la utilizza per impossessarsi della sua memoria; in quattro episodi della terza stagione per distruggere i settori di Lyoko; nell'episodio 90, "Rivelazioni pericolose", cerca di eliminarla, costringendola a cadere nel Mare Digitale, ma senza successo.
Nella prima stagione, XANA vuole smaterializzarla per sempre, mentre nella seconda vuole impossessarsi della chiave di Lyoko, ovvero di alcuni ricordi di Aelita, che ha già cominciato a sottrarre con un virus. Nella terza stagione, XANA cerca di distruggere Lyoko e i settori utilizzando lei e William: parte dai settori normali per impedire ai Guerrieri Lyoko di raggiungere Cartagine per difendere il nucleo di Lyoko; nella quarta stagione cerca di buttarla nel Mare Digitale così da obbligare Franz Hopper (nome fittizio di suo padre) a salvarla, e poi distruggerlo.
Aelita è innamorata di Jeremy, che contraccambia i suoi sentimenti, è una cara amica di Odd ed è molto brava al mixer, tanto che nella quarta stagione supera l'audizione per entrare a far parte della band dei "Subdigitals".
Aelita, in realtà, dovrebbe avere circa ventidue anni, ma la permanenza su Lyoko le ha impedito di crescere. Vive quindi sulla Terra come una tredicenne (quattordicenne dalla quarta stagione), frequentando la quatriéme della scuola media Kadic con i suoi compagni Jeremy, Ulrich, Odd e Yumi.
